Cuando Matías Fernández fue comprado por el Villarreal de España venía de disputar la final de la Copa Sudamericana con Colo Colo, siendo la gran figura de esa escuadra dirigida por Claudio Borghi. Dos días después de su llegada al cuadro que dirigía Manual Pellegrini, fue elegido como el mejor futbolista de América superando por nueve votos al argentino Rodrigo Palacio.
Con ese cartel, "Matigol" comenzaba su aventura europea en el "Submarino Amarillo". Sin embargo, nunca pudo consolidarse, viendo muchas veces los encuentros desde la banca. Con el equipo español, disputó 91 encuentros, marcando 7 goles y asistiendo en 16 ocasiones.
Tras su paso por España se fue a jugar al Sporting de Lisboa en el 2009, donde tuvo un accionar mejor que en su anterior club, sin embargo, tampoco logró consolidarse. En números, jugó 113 encuentros, con 19 tantos y 14 asistencias.
En el 2012 llega a la Fiorentina donde hasta la fecha lleva 63 duelos en el cuerpo, 4 goles y 10 asistencias. Para esta temporada, no fue inscrito para la Europa League y no juega desde mayo.
