En un informe realizado por la Contraloría al Programa de Alimentación Escolar de la Junaeb, enfocado en la región Metropolitana ejecutado entre 2015 y 2016 determinó problemas en su gestión como la "carencia de fiscalización de la alimentación proporcionada" y la poca capacitación de las manipuladoras de alimentos.
En el documento de 270 páginas y que fue descrito por La Tercera, detalla que en un colegio supervisado por la Contraloría, se encontró Escherichia coli, bacteria que puedo ocasionar diarrea, cólicos y fiebre, en manos de una trabajadora y otro caso hace referencia a la presencia de Staphylococcus aureus, responsable de posibles intoxicaciones y vómitos.
Además, se detectó que existián 78 alumnos fallecidos y que "estarían recibiendo el beneficio" entregado por la Junaeb, y además, de 150 personas mayores de 21 años que también figuraban en listas de alumnos prioritarios del Programa de de Alimentación Escolar pese a que no cumplen las condiciones.
Por otra parte, la Contraloría asegura que hay una serie de multas cobradas sin percibir o que no han sido cobradas del periodo 2012 y 2015 por $1.500 millones, aproximadamente.
De esta manera, el organismo de control determinó un nuevo sumario a la Junaeb y además, que se cobren los montos pendientes e implemente acciones para resolver los problemas mencionados anteriormente.
El director nacional de la Junaeb, Jaime Tohá, respondió a La Tercera y dijo que lo descrito por la Contraloría son "situaciones muy puntuales. Son muy pocos problemas los que se reportan, pero hay que apuntar a solucionarlos".
Respecto de la supervisión, la autoridad señaló que “hay una fiscalización directa de parte de los supervisores y hay laboratorios externos que supervisan. Luego de eso se generan multas”.